Gdy z rozliczenia PIT wynika nadpłata, wówczas podatnikowi należy się zwrot pieniędzy. Fiskus na wypłacenie należności ma 3 miesiące. Czasami jednak czas oczekiwania zmniejsza się do 30 dni.
Urząd skarbowy musi zwrócić różnicę w formie nadpłaty, gdy zaliczki, które odprowadza w ciągu roku pracodawca w imieniu swego pracownika przewyższają należny podatek. Różnica ta jest wypłacana, jeśli nie podlega uregulowaniu dłużnych zobowiązań podatkowych. Należy jednak pamiętać o tym, że zwrot podatku jest możliwy wtedy, gdy zarobiona roczna kwota wynosi mniej niż kwota wolna od podatku, czyli 3091zł, jak również osiągnęło się wyższe koszty uzyskania przychodu (np. dojazd do pracy z innej miejscowości) bądź też w zeznaniu rocznym korzysta się z ulg oraz odliczeń, które zmniejszają wysokość podatku albo podstawy opodatkowania. Termin wypłacenia przez urząd skarbowy należnej sumy liczy się od momentu złożenia PIT-a (w przypadku elektronicznej deklaracji brana jest pod uwagę data uzyskania urzędowego poświadczenia odbioru). W sytuacji wprowadzenia korekty do zeznania, oczekiwanie rozpoczyna się na nowo. Można podać następujący przykład: podatnik, który złoży PIT-37 przez internet i 6 marca otrzyma urzędowe potwierdzenie odbioru, zwrot powinien dostać do 6 czerwca. Z kolei gdy 21 marca przeprowadzi korektę, czas oczekiwania najprawdopodobniej przedłuży się aż do 21 czerwca. Rozliczenie drogą internetową może przyspieszyć otrzymanie zwrotu z podatku, ponieważ pracownicy skarbówki nie muszą przepisywać papierowych dokumentów do systemu, a to z kolei w znacznym stopniu redukuje obieg dokumentów. Jednakże w dzisiejszych czasach coraz więcej podatników składa zeznania drogą elektroniczną, stąd też nie każdy może być obsłużony priorytetowo. Szybszego zwrotu podatku mogą oczekiwać rodziny będące użytkownikami rządowego programu Karta Dużej Rodziny. W tym celu muszą zawiadomić swój urząd skarbowy o posiadaniu karty wypełniając właściwe pola (327 i 141) w deklaracjach PIT-36 oraz PIT-37. Wówczas otrzymują zwrot po upłynięciu 30 dni od chwili złożenia elektronicznej deklaracji.
